2003年6月，合肥聯(lián)合大學(xué)、合肥教育學(xué)院、合肥師范學(xué)校三校合并成立合肥學(xué)院后，設(shè)立社會科學(xué)與管理系，內(nèi)設(shè)歷史、馬克思主義哲學(xué)、鄧小平理論、思想道德修養(yǎng)、法律基礎(chǔ)等教研室，負責(zé)全院“兩課”教育教學(xué)工作。2004年8月，成立基礎(chǔ)教學(xué)部，內(nèi)設(shè)“兩課”教研室，后改為思想政治理論課教研室，包括思想道德修養(yǎng)與法律基礎(chǔ)、中國近現(xiàn)代史綱要、馬克思主義基本原理概論、毛澤東思想和中國特色社會主義理論體系概論4個課程組，負責(zé)全院思想政治理論課教育教學(xué)工作。2011年3月，成立獨立的“思想政治理論課教學(xué)部”，下設(shè)思想道德修養(yǎng)與法律基礎(chǔ)、馬克思主義基本原理概論、中國近現(xiàn)代史綱要、毛澤東思想和中國特色社會主義理論體系概論、當(dāng)代世界經(jīng)濟與政治和形勢與政策5個教研室，負責(zé)全院思想政治理論課教育教學(xué)工作。2016年11月，思想政治理論課教學(xué)部更名馬克思主義學(xué)院。現(xiàn)設(shè)有思想道德與法治、中國近現(xiàn)代史綱要、馬克思主義基本原理、毛澤東思想和中國特色社會主義理論體系概論、習(xí)近平新時代中國特色社會主義思想概論、形勢與政策、研究生思政課教研室7個教研室，負責(zé)全校思想政治理論課教育教學(xué)工作。
馬克思主義學(xué)院現(xiàn)有教師53人，其中安徽省委講師團高端宣講專家和安徽省社科名家大巡講專家2人，省級教壇新秀3人，省級網(wǎng)絡(luò)教育名師1人。馬克思主義學(xué)院設(shè)有安徽省中國特色社會主義理論體系研究中心合肥大學(xué)研究基地和合肥黨史研究基地，是全國“數(shù)字馬院”教學(xué)聯(lián)盟理事單位。
近年來，馬克思主義學(xué)院思想政治理論課教師主持承擔(dān)國家社科基金項目、教育部規(guī)劃項目、安徽省社科規(guī)劃項目和安徽省人文社科重點項目等科研教研項目100多項，在馬克思主義理論、思想政治教育、中國哲學(xué)、法學(xué)等學(xué)科領(lǐng)域發(fā)表論文200多篇，出版專著10多部，獲得國家級、省級教學(xué)科研成果獎多項。